Στο Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων του Ιονίου Πανεπιστημίου, λειτουργούν τα ακόλουθα ερευνητικά εργαστήρια:

- Εργαστήριο Ελέγχου Ποιότητας Οίνου και Αποσταγμάτων
- Εργαστήριο Βιολογικής Φυτοπροστασίας και Τεχνολογίας Φρούτων & Λαχανικών
- Εργαστήριο Μικροβιολογίας Τροφίμων
- Εργαστήριο Εδαφολογίας
- Εργαστήριο Φυσιολογίας και Αρωματικών Φυτών
- Εργαστήριο Ελέγχου Τοξικότητας και Βιοδραστικών Μορίων
- Εργαστήριο Χημείας Τροφίμων και Βιομηχανικών Ζυμώσεων

Τα εργαστήρια του Τμήματος Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων, διαθέτουν πλέον σύγχρονο εξοπλισμό για εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες, όπως αυτός αναλυτικά περιγράφεται στις αντίστοιχες σελίδες των εργαστηρίων.